Au sens d’« action ou parole incongrue, déplacée, contraire à la bienséance, aux convenances », le terme à employer est incongruité, sans tréma sur le i :

Le terme incongruence est très répandu, mais il n’est pas attesté dans ce sens.

On l’emploie toutefois dans certains domaines spécialisés, particulièrement en médecine, au sens de « mauvaise adaptation des fragments d’un os fracturé ». On rencontre souvent le terme incongruence articulaire. Le terme est aussi employé en linguistique et en psychologie.